Aparte de los tres ríos principales, la meseta tiene numerosos ríos de menor volumen, y un conjunto de lagunas y lagos – aparte del gran lago Titicaca- de una hermosura y de un valor económico potencial inmenso, como los lagos de Arapa y de Umayo, las lagunas de Aricoma, de Suches, de Azángaro y otras.
El Departamento de Puno también cuenta con una zona de selva alta de 14,235 Has. en las provincias de Sandia y Carabaya, que albergan un potencial enorme de riquezas tropicales y con ricos asientos mineros de oro y cobre. También se están explorando yacimientos de petróleo.
Los valles de San Gabán, Tambopata y Limbani están considerados como los más feraces de la región selvática de este Departamento.
