Paucartambo en tiempos prehispánicos estuvo habitada por los Pokes, Wallas y Lares, ubicados en una zona por los incas. Durante el imperio incaico esta zona pertenecía a la región del antisuyo y era considerada la entrada de la antigua capital cuzqueña a los pueblos de la selva. Una serie de expediciones incas enviadas por Qhapaq Yupanqui, Yawar Waqaq y Tupaq Yupanqui hasta los ríos Paucartambo y Pillcopata lograron someter a los Mojos, Campas o Antis en los márgenes del río Madre de Dios o Amaru Mayo. Durante la conquista española, los ejércitos incas al mando de Manco Huayllo, fueron derrotados por los españoles habiéndose refugiado en la Cordillera Oriental formando las comunidades de Q’ero, Japo, Kijo, K’allacancha y Marcachea.

En 1565 el gobierno español el corregimiento de Paucartambo y el 21 de junio de 1825 después de la Independencia Nacional fue expedida el Decreto de Creación emitido por Simón Bolivar.