Para la caracterización ecológica del  ANP-CH se tomó como base el mapa ecológico del Perú (ONERN, 1976),  el cual define zonas homogéneas sobre la base de la vegetación natural y el clima en el cual se resume las características físicas, ambientales de las áreas geográficas así como de las interrelaciones existentes entre la flora y la fauna que alberga.

Asimismo se utilizo las imágenes satélite LANDSAT para el detalle de sus límites, lo mismo que cartas nacionales con cotas de nivel magistrales complementando con información de campo.

La ecología del ANP-CH está condicionado por la variabilidad altitudinal por lo que las zonas bioclimáticas son impresionante sucesión de franjas angostas, pero bien definidas por la exhuberante vegetación diversa existente. Tal es el caso del cañón del Apurímac donde existen nueve zonas bioclimáticas bien definidas y marcadas y donde se da la mayor diferenciación de altitudes desde los 1,100 metros hasta los 6,300 metros.

Cabe destacar que en el área del Parque existen varios ecosistemas definidos como son: los ecosistemas de bosques de neblina, bosques húmedos, bosques secos, páramos, tundras pluviales así como el ecosistema del cañón del Apurímac, el ecosistema del bosque de achupallas, hábitat del oso de anteojos en las laderas cálidas de la parte sur del cañón del Apurímac.

A continuación damos una lista de las zonas bioclimáticas existentes del ANP-CH.

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